Tenta Gerencianet para os boletos.
Já sobre as Notas emitidas logo após pagamento, se teu CNPJ não for do tipo MEI, a MM Hospedagem até que tinha um bom módulo, mas faz apenas uma espécie de meio de campo, pois a empresa que efetivamente gera é a Transmite Nota, porém tem vários usuários aqui no próprio Fórum que tem ficado na mão por conta da Transmite Nota, sem suporte.
Talvez a MM tivesse de rever a parceria, digamos assim...
Fora esse, o que tem funcionado bem é o do Edvan, mas talvez o custo fique um tanto diferente, mas assim como o da MM, se o CNPJ for do tipo MEI, acho que não atende, devido aquela nova resolução do governo de obrigar a emissão ser feita num portal específico e ter proibido a emissão diretamente no site das prefeituras com as quais normalmente estes módulos como o da MM ou Edvan acabam integrados por meio de empresas como a Transmite Nota e outras.
Além destes 2 que citei, acho que o Gofas também tenha algo, mas este não posso falar nada devido não ter usado e não conhecer bem.