Alguém sabe dizer porque não consigo usar o horário America/Sao_Paulo no meu VPS?

Ele sincroniza mais quando vou ver tá com 3 horas de diferença.

Como você mesmo já conseguiu resolver, estou colocando o link para a solução.

http://forum.portaldohost.com.br/topic/8259-corrigindo-horariotimezone/#.T5cu0KtYs7c

Primeiro, você deve verificar se é a hora do servidor ou do PHP que está com problemas..

Se for do servidor, o problema pode estar no node..

Se for do PHP, pode ser resolvido com uma simples regra no php.ini.