Tem como configurar no WHMCS para caso o cliente gere uma fatura menor que R$ 10,00, ela não seja gerada e este valor seja acumulado na próxima fatura?

Exemplo: a fatura gerada foi de R$ 9,00. Em vez de gerar a fatura, ele adiciona o valor na próxima, que pode ser de R$ 20,00, ficando a próxima fatura com o valor de R$ 29,00.

Não nativamente, mas criando um hook sim.

Isso faz muita falta no WHMCS, tenho clientes que pagam valores maiores que a fatura para ficar saldo para proxima e com isso as vezes acontece de ele ter uma fatura que fica faltando apenas 1 real e o serviço acaba sendo suspenso. O cliente entra em contato com a gente reclamando, dizendo que não temos consideração, etc.

Porém a culpa não é da empresa, o WHMCS não faz isso de mover para a proxima fatura e se você listar as faturas vencidas, na lista mostra o valor original da fatura, sendo que o interessante era mostrar o que está faltando para pagar.

É impossível abrir fatura por fatura para verificar qual falta apenas 1 real para confirmar.

A opção por aí é quando o valor for muito baixo, deixar como pagamento trimestral ou semestral...

Eu faço isso manualmente, usando opção itens faturáveis,

Na fatura crio uma linha de crédito com informação "saldo transportado para próxima fatura - Não atingiu saldo mínimo para pagamento" e dou como paga e depois vou em ITENS FATURÁVEIS e crio o saldo para a próxima fatura do cliente.

Tudo manualmente, é trabalhoso, mas é uma opção que uso para esse trato!