1. Acesso o terminal e rode:

yum install gcc php-devel php-pear libssh2 libssh2-devel

2. No WHM vá em Software »Instaladores de módulos, clique em Manage na opção do PHP Pecl, aguarde carregar.
3. Logo em seguida vá em Selecione uma versão PHP e selecione a versão do php que queira instalar e depois clique em Aplicar, vá em Install a PHP Pecl digite ssh2 e clique em Instalar Agora.
4. Caso queira instalar em todas as versões do php, só ir alterando e repetindo o passo 3. 
5. Agora vá em Software » MultiPHP INI Editor, clique na aba Modo de editor e em Edite as configurações de INI de uma versão do PHP, selecione a versão do PHP que instalou o SSH2.
6. No final do arquivo adicione e salve:

extension=ssh2.so

7. Caso tenha instalado o SSH2 em mais de uma versão do php, repita o passo 5 e 6. Se vc usa o cloudlinux, o SSH2 já vem por padrão.

Olá,
para quem tiver problemas ao instalar pelo whm pois raramente as coisas dão certo pelo modo gráfico
vamos pelo modo texto.

exemplo para php 5.6
yum reinstall ea-php56-pear
yum install gcc php-devel php-pear libssh2 libssh2-devel
caso apareça erro de dependencia é possivel instalar dessa forma
yum install gcc php-devel php-pear libssh2 libssh2-devel --skip-broken
scl enable ea-php56 'pecl install ssh2'
tecle enter se aparecer libssh2 prefix? [autodetect] : 
para conferir
scl enable ea-php56 'php -m | grep ssh'
reinicie o apache
 

Vlw @msaulohenrique   e @pluginscpanelwhm

 

Foi de grande ajuda!!