Referente o item 1, se tiver permissão/acesso root ao servidor recomendo o uso de  https://github.com/ownserver/cPanel-fixperms

wget https://raw.githubusercontent.com/PeachFlame/cPanel-fixperms/master/fixperms.sh
chmod +x fixperms.sh

sh ./fixperms.sh -a nome-do-usuario

Corrigirá todas as permissões.

 

Exato! Não sugeri isso porque também não sei se ele possui acesso ROOT ao servidor...

Caso utilize o Litespeed me avise porque esse script tem uma incompatibilidade com o LSCache...

 

Entendi!

Algo que ficou um pouco confuso seria se esse site principal ("index") é feito em PHP.

Pela minha experiência, se quando você acessa o site o navegador simplesmente faz um download de um arquivo *.php significa que o PHP não está sendo processado. Que é o problema que o @Filipe556 descreveu.

Nesse caso eu conheço duas prováveis causas:

1. Permissões errados. O usuário, grupo e etc, dependendo da aplicação não tem a permissão de "Executar".

2. Como já disse antes, o php não está sendo processado. Tentar alterar para o PHP 5.6, PHP 7, reiniciar o PHP, verificar os arquivos de log... para tentar encontrar onde está o problema.

A versão do PHP eu tentei alterar antes de deletar o .htaccess e continuou sem função, o real problema acredito que tenha sido o .htaccess pois após deletar ele o problema parou :)