Olá Robert, 

Pode ser besteira para você, mas não para a maioria dos users.
E a galera sabe fazer o rebuild manual?

Não criou os que vem por padrão imagina os customizados como mencionei!

Se para expert tem que refazer manualmente , o que dirá do iniciante?

A própsito, tem gente ai servindo 100 Milhões de pageviews, 10 Milhões em único dia com Nginx + Microcache no ISPConfig.

Ops....E quanto as integrações de cache no Vestacp mencionadas acima você fez e gerou os templates sem problema ou precisou fazer reparos manuais? No ISPConfig não precisa disso, o sistema gera sem bugs.. 

A próposito, poderia responder a postagem no forum do Vestacp?

Já existe no https://bugs.vestacp.com/

Não é novo esse probleminha, mas só me deparei 1 vez, acho que problema com uma conta migrada, chmod. Talvez seja seu caso.

Outra coisa que nunca faço é criar contas no admin, isso também evita esses problemas e facilita correção. Uso sempre conta/pacote pra cada cliente, as vzs por site.

Sobre integração, não sou fã desse amontoado da ISPConfig, é um bom painel, mas vestacp é infinitamente versátil, leve e você insere o que quiser, claro não com 1 click, afinal pra cliente "exigente" um bom "gerente de conta" resolve.

@RobertSP

Perfeito, e é o que tenho usado mais atualmente, principalmente pelo cli.