Pessoal, configurei meu servidor com o VestaCP da seguinte forma: PHP-FPM + Nginx (Default), instalei o Varnish cache por fora e atualizei o PHP para o 7.0.15, tudo isso em um CentOS 7.

Fiz a instalação do Ioncube seguindo o seguinte tutorial: https://www.rosehosting.com/blog/install-ioncube-loader-on-centos-7/

Meu PHP -v retorna a seguinte mensagem:

PHP 7.0.15 (cli) (built: Jan 17 2017 17:10:58) ( NTS )
Copyright (c) 1997-2017 The PHP Group
Zend Engine v3.0.0, Copyright (c) 1998-2017 Zend Technologies
    with the ionCube PHP Loader (enabled) + Intrusion Protection from ioncube24.com (unconfigured) v6.0.9, Copyright (c) 2002-2016, by ionCube Ltd.

Mas o WHMCS continua reclamando da falta de IonCube e também não o vejo no PHP Info.

Resolvido com o 

service php-fpm restart

Estava apenas dando restart no Nginx (seguindo o tutorial), fica a solução pra quem precisar.

Você precisa instalar o Ioncube 6.0.2 para o PHP 7 e o 5.0.21 para o PHP 5.6.

Perdão, já conseguiu resolver