Preciso migrar o domínio principal de uma revenda que está em um servidor na Alemanha para um Brasileiro.

Porém estou com a seguinte dúvida, como faço isso sem que os domínio hospedados na revenda fiquem fora do ar?

Tem como eu colocar um outro domínio no lugar do que está agora e manter os DNSs como estão?

Estava pensando em outra coisa e então recapitulei e tenho a resposta, simples:

No novo servidor, edite a zona DNS do domínio, se preciso, e mantenha os nameservers (ns1 e ns2) apontando para esses mesmos IPs (do servidor na Alemanha).

É só migrar, manter os NS'es apontando para o servidor da alemanha e criar novos NS'es para o seu servidor BR(ns3 e ns4).

Mas o domínio é o principal do vps também, está assim

server.dominio.com.br

e este dominio.com.br é o master da revenda e quero migrar somente o dominio.com.br para outro servidor.

Se eu mudar o hostname afeta algo?

O nome do servidor não interfere, mas lembrando que esse tipo de procedimento afeta os envios de e-mails pois haverá conflito de nomes e ip quando algum sistema anti-spam for fazer a verificação.