Desculpe se este não for o lugar correto.

Tenho o meu servidor dedicado, já criei um arquivo PHP que executa comandos Linux como ROOT.

Porém o comando que desejo realizar é de limpar lista de e-mail do EXIM a cada 1 hora.

Porém o mesmo não funciona, acho que é pelo motivo que este comando não executa só uma vez, fica executando até que tudo seja removido.

Tente automatizar isto:

http://www.cyberciti.biz/faq/exim-remove-all-messages-from-the-mail-queue/

Através da própria crontab no root, e não através de um script em PHP.