Bom dia,

Quero dar desconto ao cliente na renovação, mas vejo que na fatura em aberto do cliente não tem opção de utilizar o cupom, tem como ativar ou algum plugin que aplique essa função no whmcs?

Uma solução é criar um código de cupom com uma taxa de desconto recorrente e adicionar manualmente na conta de cada cliente, quando gerar a fatura o desconto é aplicado automaticamente. 

Não é algo automático mas em alguns casos resolve, acredito que um hook poderia fazer isso, mas aí algum colega programador poderia confirmar isso.

Entendo, eu queria que o cliente tivesse a opção de usar quando necessário então um hook não sei se era o ideal pois ai aplicaria para todos, queria mesmo uma cena lá que o pessoal pudesse adicionar o cupom igual na compra, isto na renovação era mesmo bom.

Você também pode disponibilizar um desconto por forma de pagamento, em vez de inserir um desconto de renovação.

https://marketplace.whmcs.com/product/7334-payment-gateway-feescharges