Problemas com base de dados no whm 60

Bom dia a todos.

Pessoal estou encontrando alguns problemas com o WHM60 em relação ao MySQL. Sempre tem algum problema e no caso estou com 3 VPS cada um em um DC e mesmo assim sempre tem problemas.

1- Em um dos VPS o MySQL só inicia o serviço se o arquivo my.cnf for o original da instalação do cpanel, se alterar o arquivo para otimizar não funciona. No caso eu inseri no my.cnf as mesmas linhas que uso em um outro VPS com a mesma quantidade de cores e memória, só que ele roda whm53 e funciona perfeitamente. Então para o mysql subir novamente eu tenho que restaurar o my.cnf original da instalação, ai o serviço inicia mas com esse monte de mensagens:

2017-01-10 16:23:42 20126 [Note] /usr/sbin/mysqld: ready for connections.
170106 16:23:42 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
170106 16:23:17 mysqld_safe mysqld from pid file /var/lib/mysql/serv.dominio.com.pid ended
2017-01-10 16:23:17 0 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: Error while setting value '15s' to 'connect_timeout'
170106 16:23:17 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
170106 16:23:11 mysqld_safe mysqld from pid file /var/lib/mysql/serv.dominio.com.pid ended
2017-01-10 16:23:11 0 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: Error while setting value '15s' to 'connect_timeout'
170106 16:23:11 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
170106 16:23:05 mysqld_safe mysqld from pid file /var/lib/mysql/serv.dominio.com.pid ended
2017-01-10 16:23:05 0 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: Error while setting value '15s' to 'connect_timeout'
170106 16:23:05 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
170106 16:23:04 mysqld_safe mysqld from pid file /var/lib/mysql/serv.dominio.com.pid ended
2017-01-10 16:23:04 18598 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete
2017-01-10 16:23:02 18598 [Warning] /usr/sbin/mysqld: Forcing close of thread 6 user: 'leechprotect'
2017-01-10 16:23:02 18598 [Warning] /usr/sbin/mysqld: Forcing close of thread 4 user: 'eximstats'

mysql started successfully.

2- Já no segundo servidor eu configuro no WHM essas duas opções como OFF: Allow cPanel & WHM to determine the best value for your MySQL open_files_limit configuration?  e Allow cPanel & WHM to determine the best value for your MySQL max_allowed_packet configuration?. Fazendo isso o cpanel não altera (volta ao padrão) as linhas open_files_limit  e max_allowed_packet no arquivo my.cnf e assim permite usar os valores que eu configurar.

Pois bem neste servidor o mysql reinicia normalmente mesmo depois de alterar o my.cnf só que quando vou nos serviços a linha mysql continuar mostrando as configurações do my.cnf padrão:

/usr/sbin/mysqld --basedir=/usr --datadir=/var/lib/mysql --plugin-dir=/usr/lib64/mysql/plugin --user=mysql --log-error=/var/lib/mysql/serv.dominio.com.err --open-files-limit=10000 --pid-file=/var/lib/mysql/serv.dominio.com.pid

Repararam nesse trecho:  --open-files-limit=10000 ?    Lá no my.cnf está com 1500 mas o msql reinicia e mantém a configuração padrão que nem existe mais.

3- Já o terceiro VPS já reinstalei umas 5 vezes e se tentar reiniciar o mysql não sobe mais.

Em todos os 3 VPS eu já instalei Centos6.8 e Centos7, troquei mysql por mariadb e só tem problemas do mesmo jeito. Pedi suporte no cpanel e eles não ajudam em nada, só pedem os dados para acessar o servidor e fica por isso mesmo.