Estou com um problema no meu whmcs que na configuração dos produtos não aparece na caixa de seleção a opção de email de boas vindas do cPanel (que vai com os dados de acesso).

Mas tem os emails template certinho em pt (do edvan) e envia o email normalmente se fizer manualmente, mas de forma automática não. Alguém já teve este problema?

Você está se referindo a tela de configuração do produto, na opção "E-mail de boas vindas" está faltando o modelo que você deseja, correto?

Isso é problema na base de dados, certamente você importou o arquivo tblemailtemplates.sql com para a sua base de dados. Eu já tive esse problema, mas foi a versão 5.3.14 devido a versão do WHMCS ser diferente da versão de onde foi exportado o arquivo. Para resolver eu tive que restaurar a tabela original dos templates e editar o template direto pelo WHMCS.

Nas últimas versões 6.x eu tenho importado a tabela normalmente e não tem dado esse problema. Sugiro que faça novamente a importação da tabela, mas se não resolver creio que vai ter que ser feito manualmente nos templates um a um. A minha tradução é própria e para evitar problemas eu alterei templates um a um.