Eu tentei fazer transferencia de contas uma vez usando o FTP e realmente é muito demorado.. acho que vou colocar um cPanel lá mesmo para facilitar as coisas, valeu.

Eu faço da seguinte forma, eu configurei via WHM as configurações do FTP de destino e no servidor destino possue o cpanel configurado, os meus backups são diarios e bem rápidos.

Qualquer dúvida estou aqui.