Tente fazendo isto:
SecRule REQUEST_HEADERS:Content-Type "^application/vnd\.android\.package-archive$" \
"id:1000002,\
phase:2,\
t:none,\
block,\
msg:'Upload de arquivo APK bloqueado pelo tipo MIME',\
severity:2,\
log"
SecRule REQUEST_FILENAME "\.apk$" "chain,id:1000000,phase:2,t:none,block,msg:'Upload/Acesso de arquivos .apk bloqueado',severity:2,log"
SecRule REQUEST_HEADERS:Content-Type "@contains application/vnd.android.package-archive" "t:none"
Teste com uma regra mais definida também
<Directory "/caminho/do/diretorio/de/upload">
<IfModule security2_module>
SecRuleEngine On
SecRule REQUEST_URI "^.*$" "block, msg:'Bloqueando tudo!', severity:2"
</IfModule>
</Directory>