Sim, por isso o rootkit.

Também pode é só cria uma acl na revenda ou se ja existe e resetar todos revendedores para essa acl.

E desabilitar a autenticação root

e desativar todos usuários shell e deixa somente o usuário que usará para logar, com su root.

Creio que nessa situação, o suporte da sua hospedagem pode ajuda-lo bastante. 

Eu já tive problemas iguais ao seu , mais só que no meu caso um cliente contratou o serviço e usou hospedagem para fazer spam , exploit entre outros , tive que trocar senha de tudo .

Galera vocês estão é revivendo o topico... kkkk