se for ataque como você diz... instale o CSF Firewall configura que vai barrar, ao que me parece não é ataque não. Me parece mais um MySql estourado mesmo.

nginx free e muito problematico, principalmente com o retorno das flags do http

 

desisti de usar nginx por conta de fatores assim. prefico um cdn mermo

nginx tem de ser bem configurado junto ao apache aí funciona legal.

dá uma otimizada no seu Mysql também, tem umas dicas boas aqui no fórum. 

Viche, servidor de hospedagem sem a proteção mínima ou "lammer" é pra cabá....... Instale o CSF, altere sua porta SSH para uma porta menos óbvia, depois confira as opções de segurança no cpanel no tweak settings.