Estou tendo problema em algumas contas de clientes com invasão, não é alterado nada somente é criado subdomínio de paginas fake do paypal principalmente ex.: 

http://applid.managements-answer742.dominiodocliente.com.br/tst/togdq/ty7ech/erreurlog/new/home/75Sf1901q/index.php

Quando descubro, altero senho da conta, removo o subdomínio e as pastas criadas.

Teria algo para evitar este tipo de coisa?

Você desativou algumas funções do php?

 

http://blog.totals.com.br/?p=120

Qual versão do WHMCS esta utilizando amigo ?