Existe como corrigir as permissões colocando as corretas e padrões do CPANEL do diretorio (e sub diretorios) de um usuário no /home/usuario ?

Algum script no /scripts ?

Não entendi muito bem, seria corrigir permissões de usuário??? (ex: você tem internal server error por copiar arquivos de outras contas ou como root)? Se for isso, execute o comando:

#chown user:user /home/user/public_html/

Obs: substitua "user" pelo login da conta cpanel.

Se o erro for permissão de arquivo, depende de como seu PHP roda, suphp é o mais recomendável, nesse caso você precisa definir chmod 755 para os diretórios e 644 para arquivos, então execute:

# find /home/user/public_html -type d -exec chmod 755 {} \;

# find /home/user/public_html -type f -exec chmod 644 {} \;

Fonte: http://www.blog.serversp.com.br/2009/09/25/corrigir-erro-internal-server-erro-quando-ativado-suphp/

Se não for isso, nos de mais detalhes sobre o problema.

Usuários não, apenas dos arquivos (chmod) - o problema é que este cliente rodou um chmod -R 644 * no /home e melou tudo, arquivos de controle do cpanel de dentro da /home/user tão bagunçados.

tenta reinstalar o cpanel com os comandos abaixo:

cd /home

wget -N http://httpupdate.cpanel.net/latest

sh latest

/usr/local/cpanel/cpkeyclt