O whmcs sempre cria as novas contas como root.

Preciso que ele sete com o usuario padrão que é revenda para poder administrar via cpanel.

Encontrei esta opção na configuração do módulo do produto

Reseller Ownership Set the reseller to own their own account

Mas como indicarei que é o revendedor X?

Todas vez que uma conta é criada tenho que ir no whm e change ownership para a conta revenda.

Seria algo linkado ao plano?

Você precisa configurar seu whmcs com a conta da revenda para a qual as contas devem ser criadas.

Coloque o login da revenda, senha se achar necessário e a chave de acesso da revenda.

Teste isso e da um feedback aqui pra nóis :)

Basta no produto em questão na aba de configurações "Module Settings" e marcar:

Reseller Ownership - Set the reseller to own their own account