Aqui estamos trabalhando com o AfterLogic Pro há quase 4 meses, e estamos estudando o MailSuite Pro para separar o serviço de emails em um cloud exclusivo para tratamento de emails com IPs rotativos.

http://www.afterlogic.com/mailsuite/linux-email-server

o ideal seria separar e deixar os e-mails em outro servidor. mas

Dos free o Zimbra é de longe o melhor. Instala-lo com cPanel (acredito eu) é uma tarefa bem árdua e nas palavras do tio google, bem pouco explorada.

Uma sugestão seria instala-lo num servidor com Ubuntu a parte e direcionar todos os emails pra ele. No Ubuntu o Zimbra roda lisinho.

como fazer isso no cpanel? teria que alterar apenas o DNS de cada domínio ou algo a mais? essa seria a melhor opção.

o ideal seria separar e deixar os e-mails em outro servidor. mas

como fazer isso no cpanel? teria que alterar apenas o DNS de cada domínio ou algo a mais? essa seria a melhor opção.

Apenas alterar as entradas MX.