Pode ser um malwere, aconteceu o mesmo com um dos nossos clientes de hospedagem! Após ele mudar a senha de FTP inúmeras vezes, o site dele sempre era infectado com arquivos maliciosos ou invadido.
A solução para o cliente foi instalar o Malwarebytes, mas recomendo o mesmo que os amigos acima, "Formate a máquina".