Estou com um problema que considero estranho mas creio que alguem saiba, o servidor tem um problema que toda vez que começa a rodar o backup o mysql pára e em outro servidor para o ftp e o webmail, o que será que está configurado errado?

voce precisa ser mais específico.

Lá na configuração do backup, deixa marcado como enable a opção:

Incremental Backup

(only backup what has changed.) (**No Compression**, not compatible w/FTP backups)

Com isso, não vai ter compactação e poderá aliviar a carga do servidor, depois disso, verifique se os problemas ainda persistem.