Estou com um problema em que aparece em "Quotas" que o usuário tem um espaço Ilimitado de uso e que o espaço usado pelo mesmo é sempre igual a 0MB. Alguém já teria a solução para este problema?

Eu já tive esse problema, a única solução que encontrei foi reinstalar o cPanel.

Estava lendo sobre e vi em um artigo no próprio fórum do cPanel que parece que é um "bug" da versão atual.

Sim eu li também sobre isso, mas já entrei em contato com ele pois tive uns 14 cloud com esse problema.

Com toda a certeza deve-se haver uma solução menos radical que a reinstalação de todo o cPanel.

É dedicado ou VPS? Se for VPS qual a plataforma de virtualização?

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VPS OpenVZ.

Entrei em contato com o DC falando sobre esse assunto e perguntando se os mesmos poderiam ajudar, corrigiram o erro do "Uso de Disco" e me disseram que já possuem tickets juntamente ao cPanel relatando e exigindo solução para esse bug.

Isso não tem muito haver com o cpanel, mas sim com o gerenciamento do servidor, peça a empresa que gerencia o dedicado para seguir este tutorial:

https://central.onzehost.com.br/knowledgebase/19/Corrigindo-quota-em-VPS-com-cPanel-via-OpenVZ.html