[Limpeza] Ftp Raiz

Salve Galera,

Seguinte, me surgiu uma dúvida e queria tira-la com os amigos. Tem um novo cliente que efetuei a migração hoje e tudo funcionou perfeitamente. Só que na antiga empresa que hospedava seu site, eles trabalhavam com muitos recursos que eu não trabalho. (Trend, RV Build, RV Skin, Cage, personalização cPanel entre vários outros) enfim, muita coisa que não trabalho. Porem agora, a pasta raiz de meu cliente ficou 'poluida' com arquivos e pastas que não é necessário.

A duvida é: Será que posso exclui-las do FTP? Existe algo que eu possa fazer uma limpeza na conta de meu cliente, no qual deixa-se apenas os arquivos e pastas que são realmente necessárias?

Eu tenho uma 'mania' não sei se é correto ou adequado fazer isso, mais sempre que migro um cliente, eu limpo a pasta tmp. Como disse, não sei se é correto ou recomendado fazer isso, mas eu faço desde inicio e nunca tive problemas. Dai que veio a ideia de excluir as pastas que não são mais utilizadas e deixar a conta do cliente mais organizada e limpa.

No que vocês podem me ajudar?

Agradeço desde já. Abraço!