O cliente contrata o registro de dominio. Como eu faço se o cliente ja tem cadastro no registro.br? Se eu não estou errado, so quem pode registrar novos dominios é quem tem o adm da entidade.

Várias soluções, dependendo do seu perfil:

1 - Apenas intermedia o registro;

2 - Pede para ser adicionado como contato técnico.

3 - Registrar no seu cnpj e transferir qdo necessário.

Seria muito legal auxiliar o cliente a recuperar os dados - assim constrói uma relação de confiança.