A desvantagem é que o domínio não pode ser suspenso (pelo menos não sei como), você não poder dar suporte em um produto que não é seu.

Vantagens são muitas: te livram do tráfego, espaço, os recursos do google que vc pode anunciar como seus, etc.

Precisei uma vez avisar a um cliente que usa Googleapps que sua conta de email será bloqueada por falta de pagamento, já que o site é automático no whmcs. Fui no WHM e alterei o DNS dele. No mesmo dia ele pagou (risos). Para alguns, o email é mais importante que o site.

minha empresa esta adotando a Apps como correio principal? vi que a Oi ja utiliza Apps, assim como muitas empresas... é realmente vantajoso para uma empresa de grande porte migrar do exchange com servidores estabilizados?

Olha, cada caso é um caso. Tem que ver o que você quer, se é cortar custo, recurso...