Caros alguém sabe de algum script do tipo "youtube" como o phpmotion ou o clipbucket que não usem/necessitem de funções como a exec e shellexec do php para funcionarem ?

Difícil, pois para conversão de vídeos e geração de imagens é necessário o FFMPEG e, assim, é imprescindível fazer uso de alguma função do tipo shell_exec.

Você quer um script deste tipo para si ou para um cliente?

Se for pra você usar sem ter que ativar estas funções em todo o servidor, pode usar uma versão personalizada do PHP e rodá-la via cgi-bin.