Depende o estágio do seu projeto, Woocommerce pode ser uma boa se você tem poucos recursos, sabe desenvolver um pouco, e Magento se precisa escalar, e tem um ótimo conhecimento ou equipe de desenvolvimento. Eu particularmente gosto de soluções alugadas como plataforma VTEX, pois me permite focar no layout e experiência do usuário, sem me preocupar com infra...