Já uso hoje HyperCache, mudei a configuração citada acima no WHM, o WHM elevou para 10000 open files.
Reduziu bastante o load da CPU, deu uma melhorada, vou ver se consigo aumentar ainda mais o open files.
Solução citada acima de um BD em outro VPS é boa, porém vou ver se consigo descentralizar os BDs.
Uma aplicação fica com o BD nesta outra VPS e o site fica com BD em Localhost mesmo.