Tenho um cliente que ta sendo suspenso, porém tdos suas faturas estão pagas, mesmo assim o whmcs suspende sua conta, O último pagamento foi pago manualmente.

Veja se a data de vencimento do whmcs esta certa. 
Tente também ver se você não esta usando um grupo de serviços com regras pra suspender quando atingir determinados limites de consumo.