Clayderson, obrigado amigo, consegui resolver meu problema com ajuda do suporte do Cpanel (por sinal, muito bom mesmo).
No .htaccess, foi colocado:
AddType application/x-httpd-php5 .php5 .php4 .php .php3 .php2 .phtml
AddType application/x-httpd-php51 .php5 .php4 .php .php3 .php2 .phtml
AddHandler application/x-httpd-php51 .php
AddHandler application/x-httpd-php5 .php
E descobri que meu script estava com problema no eAccelerator do php, então coloquei no php.ini:
php_flag eaccelerator.enable 0
php_flag eaccelerator.optimizer 0
date.timezone = America/Sao_Paulo
E finalmente está 100%.
Se algum um dia tiver o mesmo problema, está aí a solução.
Abraços.