Bom dia
Eu sempre tive esse problema com o Cron tbm, aúnica solução que achei foi utilizar a tarefa de cron externa, ou seja, me cadastrei gratis no site https://www.setcronjob.com, e configurei uma tarefa cron GET (aquele endereço que o whmcs fornece nas configurações de automação), assim todo dia esse site acessa minha pagina de cron GET e tudo funciona direitinho.
Se vc for cadastrar uma dica que dou é quanto ao horario, verifica o fusuorario correto pra bater com o do Brasil, outra coisa é que uma vez por mes você vai receber um email pedindo pra renovar sua assinatura gratis.
Espero que ajude.