Olá,
A comunidade magento (a qual eu também faço parte) que me desculpe, mas se quiser ter dor de cabeça, use Magento!
É sem dúvida a ferramenta "free" (Community Edition) mais completa na atualidade, mas muito complexa (na minha opinião, não é para o usuário final), pesada e "sensível". Use apenas se souber o que está fazendo e para médias e/ou grandes empresas. Não que pequenas empresas não possam usar, mas recomendo outras opções mais leves.
Abaixo dela, a ferramenta mais completa é a Prestashop.
Das ferramentas leves, Opencart é a mais bacaninha e bonitinha na minha opinião.
Essas também são minhas 3 dicas.
Abs