Tentei refazer toda a configuração.
Baixei o módulo do boleto em: http://www.menigmahost.com.br/noticias/modulo-de-boleto-bancario-para-whmcs/
Enviei todos os arquivos novamente.
Fiz as configurações deste tutorial e mesmo assim o código de barras apresenta o problema.
O cálculo de juros está OK com as dicas que o joaopaulo passou. Somente o código de barras que ainda apresenta problema.
Só uma coisa que ainda não, a linha digitável do boleto.
Ainda está com o valor original, sem juros.
Fiz um boleto de teste no valor de R$6,50. O juros é calculado corretamente.
00000.000000 00000.000000 00000.000000 0 58470000000650
O cartão em questão é o: http://contasuper.com.br/
Porém o método de abordagem que ele utilizou foi errado, querendo ganhar indicações e consequentemente receber R$5,00 por cada indicado.