Rapaz, olhei o que era e descobri, na verdade acho que descobri mas funcionou e todos estão bem agora.
Ah um tempo atrás eu mudei os preços dos planos, então quando o os clientes que estavam com o preço anterior pagavam, acho que o sistema não identificava um plano com aquele preço e não fazia a renovação.
Solução para a renovação: Eu criei um grupo e coloquei planos nos mesmos valores dos clientes, depois alterei o ID do pacote deles através do banco de dados, colocando o pacote que eu havia acabado de criar com o preço que eles pagavam. Pode ser feito manualmente cliente por cliente, isso resolveu, foi feito uma renovação hoje e funcionou perfeitamente.
Relacionado a compra de novos pacotes, eu percebi que: A nova versão do WHMCS, nos grupos agora é adicionado a URL do grupo, uma descrição com caracteres alfa-numéricos, não sei se tem algo haver, mas eu coloquei essa descrição no grupo dos novos pacotes e funcionou perfeitamente. Não sei se essa foi realmente a solução, porém como dizia o mestre Chicó "Não sei, só sei que foi assim".
Outro problema que percebi, até agora apenas com o módulo do Mercado Pago (ultima versão do WHMCS), retorno automático não funciona com cupom de desconto, pelo menos para mim não está funcionando.
No mais era isso, obrigado @owsbr e @Joel Emanoel, o apoio de vocês é bastante importante, irei empenhar-me em ajudar em assuntos que eu domino aqui no forum também! Forte abraço a todos.