Primeiramente você deve contratar a licença do CloudLinux ou obiter a licença gratis por 30 dias no proprio site cloudlinux.com.
Em seguida acessar o seu servidor via SSH e digitar os seguintes comandos
Para converter de CentOS 5.x ou 6.x para Centos CloudLinux com cPanel e WHM já instalado, execute os seguintes comandos:
Usando a Licença Ativa para seu IP do servidor
wget http://repo.cloudlinux.com/cloudlinux/sources/cln/cldeploy
sh cldeploy -i
reboot
Obs: Esse modo acima o você deve possuir uma licença atribuida para o ip do seu servidor.
Usando Licença Free 30 Dias
wget http://repo.cloudlinux.com/cloudlinux/sources/cln/cldeploy
sh cldeploy -k sualicença
reboot
Pronto Reinicie seu servidor e use o Cloud Linux