Também estou com problema parecido depois que atualizei para versão 5.2.7.
O problema é o seguinte, não adianta colocar " . " ou " , " em qualquer parte da adminstração do whmcs que zera os centavos, e também esta acontecendo o mesmo ao gerar as faturas automaticamente pelo cron, todas as fatura estão ficando sem os centavos.
Exemplo, se a fatura do cliente é 49.99 esta ficando 49.00.