Alguém já ouvi falar do Froxlor. Fiz vários testes e o sistema se mostrou bastante maduro. Claro que é uma solução básica, mas (bastante completa.)
Possui Adm, Reseller e Usuário final.
Tem configurações para trabalho direto com NGinx (PHP-FPM), Apache e Lighttpd.
DNS
FTP
Muitos outros.
Não fazendo uma comparação, mas para quem já usa ISPconfig, o Froxlor atende bem. Sem falar que a interface dele é muito agradável.
Aqui está o link do DEMO: http://demo.froxlor.org/
(Se alguém tentar, deixa um tutorial para instalar direto no NGinx)