Segue a baixo um tutorial de como atualizar as Loaders do Ioncube.
Você só precisa baixar o pacote atual de loaders do site do IonCube [ http://www.ioncube.com/loaders.php ] e substituir os arquivos referentes à sua versão do php. Estes dados são para máquinas 64 bits.
# cd /usr/local/IonCube
# wget http://downloads3.ioncube.com/loader_downloads/ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz
# tar -xzvf ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz
# mv ioncube/ioncube_loader_lin_5.2.so .
# mv ioncube/ioncube_